Дефіцит магнію розвивається при різкому підвищенні потреби в цьому мінералі, коли його вміст в звичайному раціоні харчування більше його не покриває. Це відбувається, наприклад, в період вагітності і годування грудьми, в умовах стресу, в літньому віці або при значній втраті води - в ситуаціях, коли з потом, сечею, блювотою або діареєю виводиться більша кількість магнію, ніж надходить. До ризику розвитку дефіциту магнію схильні пацієнти, які протягом тривалого періоду часу приймають певні лікарські препарати. Такі препарати зазвичай мають сечогінний ефект, що сприяє виведенню з організму більшої кількості магнію. Крім того, підвищена інтенсивність виведення магнію спостерігається у пацієнтів, які отримують хіміотерапію цитостатичними препаратами або приймають кортикостероїди. Особливо високий ризик розвитку дефіциту магнію у хворих на цукровий діабет 1-го і 2-го типів. Дефіцит магнію присутній у більш ніж 60% таких пацієнтів, оскільки внаслідок особливостей захворювання і прийнятих ними лікарських препаратів у них нирками з організму вимивається більшу кількість мінералів (в тому числі і магнію), ніж у здорових осіб. У пацієнтів з ВІЛ-інфекцією, злоякісними новоутвореннями, захворюваннями печінки і підшлункової залози спостерігається зменшення обсягу всмоктування магнію. Дефіцит магнію може також спостерігатися у жінок, які протягом тривалого часу приймають оральні контрацептиви.